Harry Mason đang trên đường đi qua thị trấn Silent Hill cùng con gái của anh ta, Cheryl. Khi sắp tới thị trấn, anh phải đột ngột vành xe nhắm tránh đâm phải một người phụ nữ trên đường, và kết quả là xe của anh mất đà rồi gặp tai nạn.[6] Tỉnh dậy trong thị trấn, nhận ra rằng con gái mình đã mất tích, nên anh bắt đầu đi tìm. Anh gặp viên cảnh sát Cybil Bennett, làm việc tại thị trấn gần đó là Brahms.[8][9][10] Trong thời gian tìm kiếm con gái tại thị trấn tràn ngập bụi và sương mù, với tuyết rơi trong mùa đông,[11] anh lại gặp thêm một số người khác: Dahlia Gillespie, cô bé đưa anh ấy một tấm bùa mang tên Flauros;[12] bác sĩ Michael Kaufmann, giám đốc bệnh viện thị trấn Silent Hill's Alchemilla;[11][13] và nữ y tá Lisa Garland, làm việc tại Alchemilla.[13] Harry cũng đồng thời phát hiện ra nhiều ký tự lạ khắp thị trấn, mà theo lời Dahlia đã nói rằng bóng tối sẽ tràn ngập khắp thị trấn nếu chúng tiếp tục xuất hiện.[14] Cuối cùng, bóng đêm cũng đã bắt đầu dần chiếm lấy thị trấn.[7] Theo lời Dahlia nói, người phụ nữ bí ẩn anh gặp trên đường trước khi tai nạn là một con quỷ dữ, chính con quỷ đó đã tự nhân đôi lên những kí tự lạ khắp thành phố. Dahlia thúc giục anh phải ngăn chặn lại con quỷ dữ đó, bời vì nếu anh không thực hiện thì con gái anh, Cheryl sẽ phải chết.[15] Harry sau đó bị tấn công bởi Cybil, lúc này cô đã bị nhiễm một loại kí sinh trùng;[16] lúc này người chơi sẽ phải lựa chọn: cứu cô ta hay là không.[17]

Khi cô gái trở lại, lúc này cô đã bị mắc bẫy bởi Flauros. Dahlia thừa nhận rằng chính cô đã là người thao túng Harry vào cái bẫy đó,[18][19] vì chỉ có anh mới có thể tiếp cận nó. Đây là một sự ảo tưởng của Alessa, người sở hữu sức mạnh siêu nhiên rất lớn.[18] Harry tỉnh dậy trong một nơi vô định và nhận ra đó chỉ là "hư không" và anh gặp Lisa một lần nữa.[20] và cô bắt đầu biến đổi; anh chạy trốn trong sự kinh hoàng. Nhật kí của cô tiết lộ rằng chính cô là người đã chăm sóc Alessa trong một thời gian bí mật ở bệnh viện.[21] Harry sau đó phát hiện Dahlia cùng với hiện thân của Cheryl và Alessa, lúc này chỉ còn là xác chết. Vào bảy năm trước, chính Dahlia đã tiến hành một nghi lễ giao hợp Alessa với vị thần của giáo phái qua việc hiến tế.[22] Alessa đã sống sót vì sự hỗ trợ của thần linh khiến cô trở nên bất tử.[18] Sự chống đối của Alessa với nghi thức đã khiến linh hồn cô bị chia cắt,[22][23] ngăn chặn sự sinh sản.[23] Một nửa linh hồn của cô bé đã nhập vào thân xác của đứa bé Cheryl, người mà Harry và vợ ông đã nhận nuôi.[24] Dahlia sau đó niệm thần chú khiến linh hồn của cô bé trở về trong thân xác Alessa.[23] Cảm nhận được sự xuất hiện của Cheryl, Alessa đã cho xuất hiện nhiều ký tự khắp thành phố để ngăn chặn sự tái sinh.[25] Do kế hoạch của Alessa đã bị chặn lại và linh hồn của cô trở về, vị thần được phục sinh và nhập vào thân xác của cô ấy.

Bốn kết thúc khác nhau sẽ xuất hiện tùy thuộc vào những hành động của người chơi, như lựa chọn cứu Cybil hay không, hoặc phát hiện một lọ Aglaophotis tại căn hộ của Kaufmann, hay cả hai. Aglaophotis là một loại chất lỏng màu đỏ thu thập được từ một nhà máy cùng tên; nó có thể chống lại lực lượng ma quỷ và bảo vệ cho những người sử dụng nó. Kết thúc "Bad-" cho thấy cảnh Alessa tiêu diệt Dahlia và sau đó tấn công Harry, người sau đó đã đánh bại ả. Giọng nói của Cheryl vang lên, đó là lời cảm ơn tới Harry vì đã giải thoát cho cô và Alessa. Harry suy sụp, và đoạn cắt cảnh tiếp theo là hình ảnh thi thể của anh ta trong chiếc xe bị tai nạn - gợi ý rằng tất cả những gì đã xảy ra chỉ là sự tưởng tượng trong suy nghĩ đã chết của Harry. Kết thúc "Bad+" cho thấy cảnh Cybil vẫn còn sống sót và Kaufmann lúc này đã mất tích; sau giọng nói của Cheryl và sự biến mất của Alessa, Cybil đã tìm đến Harry và thuyết phục anh ta chạy trốn. Kết thúc "Good" cho thấy cảnh Cybil chết, và Kaufmann xuất hiện với cái chai Aglaophotis mà ông ta dùng để tách vị thần ra khỏi thân xác của Alessa;[17] Kaufmann tiết lộ rằng hắn đã bí mật liên kết với Dahlia [21][22] đã để Alessa nằm viện. Cảm thấy bị phản bội, anh ép buộc thần phải ra khỏi thân thể Alessa, đồng thời cũng khiến cô biến mất. Harry sau đó đã đánh bại nó, vị thần biến mất, và Alessa xuất hiện, cô ta đã làm Cheryl tái sinh và trao đứa bé lại cho Harry, và cho phép họ trốn thoát khỏi nơi này, sau đó cô ta chết. Trong phần kết "Good+", Harry đã trốn thoát cùng Cybil và đứa bé. Trong cả hai kết thúc "Good", Lisa, lúc này đã bị biến đổi, đã ngăn Kaufmann trốn thoát và ném hắn ta vào một hố sâu.[17] Phấn kết thúc đùa (joke ending) cho thấy cảnh Harry bị bắt bởi một vật thể bay không xác định[26]